R/summarize_extract.R
model.matrix.cmp.Rd
Extract the Design Matrix from a COM-Poisson Model Fit
# S3 method for cmp
model.matrix(object, ...)
an object class 'cmp' object, obtained from a call to glm.cmp
other arguments passed to or from other methods (currently unused).
The method will return the saved model.matrix
used when fitting the cmp model.
data(attendance)
M.attendance <- glm.cmp(daysabs ~ gender + math + prog, data = attendance)
model.matrix(M.attendance)
#> (Intercept) gendermale math progAcademic progVocational
#> 1 1 1 63 1 0
#> 2 1 1 27 1 0
#> 3 1 0 20 1 0
#> 4 1 0 16 1 0
#> 5 1 0 2 1 0
#> 6 1 0 71 1 0
#> 7 1 0 63 1 0
#> 8 1 1 3 1 0
#> 9 1 1 51 1 0
#> 10 1 1 49 0 1
#> 11 1 0 31 0 1
#> 12 1 1 22 1 0
#> 13 1 0 73 1 0
#> 14 1 0 77 0 0
#> 15 1 1 10 0 1
#> 16 1 1 89 1 0
#> 17 1 0 34 1 0
#> 18 1 0 35 1 0
#> 19 1 1 77 0 0
#> 20 1 1 4 1 0
#> 21 1 0 21 1 0
#> 22 1 1 61 1 0
#> 23 1 1 41 1 0
#> 24 1 1 63 1 0
#> 25 1 0 19 1 0
#> 26 1 1 55 0 0
#> 27 1 1 6 1 0
#> 28 1 0 21 1 0
#> 29 1 1 70 1 0
#> 30 1 1 79 0 0
#> 31 1 1 1 1 0
#> 32 1 0 29 1 0
#> 33 1 1 40 1 0
#> 34 1 1 39 1 0
#> 35 1 1 68 1 0
#> 36 1 0 20 1 0
#> 37 1 1 10 1 0
#> 38 1 1 84 1 0
#> 39 1 1 1 0 0
#> 40 1 0 35 1 0
#> 41 1 0 32 1 0
#> 42 1 0 34 1 0
#> 43 1 0 40 1 0
#> 44 1 1 29 1 0
#> 45 1 1 20 1 0
#> 46 1 0 27 1 0
#> 47 1 1 74 1 0
#> 48 1 1 38 1 0
#> 49 1 1 21 1 0
#> 50 1 0 81 1 0
#> 51 1 1 16 1 0
#> 52 1 1 59 1 0
#> 53 1 1 48 1 0
#> 54 1 0 55 1 0
#> 55 1 0 4 1 0
#> 56 1 1 57 1 0
#> 57 1 1 5 0 0
#> 58 1 1 3 0 0
#> 59 1 0 23 1 0
#> 60 1 0 35 1 0
#> 61 1 1 33 1 0
#> 62 1 0 27 1 0
#> 63 1 1 13 1 0
#> 64 1 1 46 1 0
#> 65 1 0 30 1 0
#> 66 1 1 32 1 0
#> 67 1 0 26 0 0
#> 68 1 0 14 1 0
#> 69 1 0 31 0 1
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#> 71 1 1 72 1 0
#> 72 1 1 79 1 0
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#> 85 1 1 75 1 0
#> 86 1 1 22 0 0
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#> 94 1 0 70 0 0
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#> 107 1 0 1 0 0
#> 108 1 0 61 1 0
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#> 112 1 0 3 1 0
#> 113 1 1 21 1 0
#> 114 1 1 26 1 0
#> 115 1 1 44 1 0
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#> 117 1 0 35 1 0
#> 118 1 0 8 0 0
#> 119 1 0 87 1 0
#> 120 1 1 3 1 0
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#> 122 1 1 89 0 0
#> 123 1 1 13 1 0
#> 124 1 1 84 1 0
#> 125 1 1 90 1 0
#> 126 1 0 71 1 0
#> 127 1 0 15 0 0
#> 128 1 0 41 1 0
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#> 154 1 1 31 0 0
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#> 156 1 1 8 0 0
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#> 165 1 1 71 0 1
#> 166 1 0 59 0 1
#> 167 1 1 71 0 1
#> 168 1 0 70 0 1
#> 169 1 1 77 0 1
#> 170 1 0 70 1 0
#> 171 1 0 87 0 1
#> 172 1 1 59 0 1
#> 173 1 1 65 0 1
#> 174 1 0 28 1 0
#> 175 1 1 77 0 1
#> 176 1 1 65 0 1
#> 177 1 0 73 0 1
#> 178 1 1 99 1 0
#> 179 1 0 57 0 1
#> 180 1 0 77 0 1
#> 181 1 0 57 1 0
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#> 184 1 1 84 0 1
#> 185 1 0 73 0 1
#> 186 1 1 81 0 1
#> 187 1 0 52 0 0
#> 188 1 0 75 0 1
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#> 190 1 0 44 0 0
#> 191 1 1 44 0 1
#> 192 1 0 79 0 1
#> 193 1 0 20 0 1
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#> 246 1 1 15 1 0
#> 247 1 0 55 0 1
#> 248 1 0 32 1 0
#> 249 1 1 34 1 0
#> 250 1 0 67 0 1
#> 251 1 0 41 0 1
#> 252 1 1 41 0 1
#> 253 1 0 29 1 0
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#> 255 1 0 77 1 0
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#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1 2 3 3
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$gender
#> [1] "contr.treatment"
#>
#> attr(,"contrasts")$prog
#> [1] "contr.treatment"
#>
# \donttest{
data(sitophilus)
M.sit <- glm.cmp(formula = ninsect ~ extract, formula_nu = ~extract, data = sitophilus)
model.matrix(M.sit)
#> $x
#> (Intercept) extractLeaf extractBranch extractSeed
#> 1 1 1 0 0
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#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1 1 1
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$extract
#> [1] "contr.treatment"
#>
#>
#> $s
#> (Intercept) extractLeaf extractBranch extractSeed
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#> 2 1 1 0 0
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#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1 1 1
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$extract
#> [1] "contr.treatment"
#>
#>
# }