Extract the Design Matrix from a COM-Poisson Model Fit

# S3 method for cmp
model.matrix(object, ...)

Arguments

object

an object class 'cmp' object, obtained from a call to glm.cmp

...

other arguments passed to or from other methods (currently unused).

Value

The method will return the saved model.matrix used when fitting the cmp model.

Examples

data(attendance)
M.attendance <- glm.cmp(daysabs ~ gender + math + prog, data = attendance)
model.matrix(M.attendance)
#>     (Intercept) gendermale math progAcademic progVocational
#> 1             1          1   63            1              0
#> 2             1          1   27            1              0
#> 3             1          0   20            1              0
#> 4             1          0   16            1              0
#> 5             1          0    2            1              0
#> 6             1          0   71            1              0
#> 7             1          0   63            1              0
#> 8             1          1    3            1              0
#> 9             1          1   51            1              0
#> 10            1          1   49            0              1
#> 11            1          0   31            0              1
#> 12            1          1   22            1              0
#> 13            1          0   73            1              0
#> 14            1          0   77            0              0
#> 15            1          1   10            0              1
#> 16            1          1   89            1              0
#> 17            1          0   34            1              0
#> 18            1          0   35            1              0
#> 19            1          1   77            0              0
#> 20            1          1    4            1              0
#> 21            1          0   21            1              0
#> 22            1          1   61            1              0
#> 23            1          1   41            1              0
#> 24            1          1   63            1              0
#> 25            1          0   19            1              0
#> 26            1          1   55            0              0
#> 27            1          1    6            1              0
#> 28            1          0   21            1              0
#> 29            1          1   70            1              0
#> 30            1          1   79            0              0
#> 31            1          1    1            1              0
#> 32            1          0   29            1              0
#> 33            1          1   40            1              0
#> 34            1          1   39            1              0
#> 35            1          1   68            1              0
#> 36            1          0   20            1              0
#> 37            1          1   10            1              0
#> 38            1          1   84            1              0
#> 39            1          1    1            0              0
#> 40            1          0   35            1              0
#> 41            1          0   32            1              0
#> 42            1          0   34            1              0
#> 43            1          0   40            1              0
#> 44            1          1   29            1              0
#> 45            1          1   20            1              0
#> 46            1          0   27            1              0
#> 47            1          1   74            1              0
#> 48            1          1   38            1              0
#> 49            1          1   21            1              0
#> 50            1          0   81            1              0
#> 51            1          1   16            1              0
#> 52            1          1   59            1              0
#> 53            1          1   48            1              0
#> 54            1          0   55            1              0
#> 55            1          0    4            1              0
#> 56            1          1   57            1              0
#> 57            1          1    5            0              0
#> 58            1          1    3            0              0
#> 59            1          0   23            1              0
#> 60            1          0   35            1              0
#> 61            1          1   33            1              0
#> 62            1          0   27            1              0
#> 63            1          1   13            1              0
#> 64            1          1   46            1              0
#> 65            1          0   30            1              0
#> 66            1          1   32            1              0
#> 67            1          0   26            0              0
#> 68            1          0   14            1              0
#> 69            1          0   31            0              1
#> 70            1          0   48            1              0
#> 71            1          1   72            1              0
#> 72            1          1   79            1              0
#> 73            1          1   15            0              1
#> 74            1          1   24            1              0
#> 75            1          0   55            0              1
#> 76            1          0   13            0              0
#> 77            1          1   34            1              0
#> 78            1          1   67            1              0
#> 79            1          1    1            1              0
#> 80            1          0   21            1              0
#> 81            1          0   33            1              0
#> 82            1          1   78            1              0
#> 83            1          0   84            0              0
#> 84            1          1   59            1              0
#> 85            1          1   75            1              0
#> 86            1          1   22            0              0
#> 87            1          0   49            1              0
#> 88            1          0   13            1              0
#> 89            1          1   84            0              1
#> 90            1          1   27            1              0
#> 91            1          0   27            1              0
#> 92            1          0   70            1              0
#> 93            1          1   96            1              0
#> 94            1          0   70            0              0
#> 95            1          0   10            1              0
#> 96            1          1   14            1              0
#> 97            1          1   20            1              0
#> 98            1          1   11            1              0
#> 99            1          1   42            1              0
#> 100           1          1    2            1              0
#> 101           1          1   24            0              0
#> 102           1          1   37            1              0
#> 103           1          1   13            1              0
#> 104           1          1    3            1              0
#> 105           1          1   70            0              0
#> 106           1          0   27            1              0
#> 107           1          0    1            0              0
#> 108           1          0   61            1              0
#> 109           1          1   44            1              0
#> 110           1          1   35            1              0
#> 111           1          1   78            1              0
#> 112           1          0    3            1              0
#> 113           1          1   21            1              0
#> 114           1          1   26            1              0
#> 115           1          1   44            1              0
#> 116           1          0   47            1              0
#> 117           1          0   35            1              0
#> 118           1          0    8            0              0
#> 119           1          0   87            1              0
#> 120           1          1    3            1              0
#> 121           1          1    6            1              0
#> 122           1          1   89            0              0
#> 123           1          1   13            1              0
#> 124           1          1   84            1              0
#> 125           1          1   90            1              0
#> 126           1          0   71            1              0
#> 127           1          0   15            0              0
#> 128           1          0   41            1              0
#> 129           1          0   63            1              0
#> 130           1          0   34            1              0
#> 131           1          0   45            1              0
#> 132           1          0   29            1              0
#> 133           1          0    3            1              0
#> 134           1          1   35            1              0
#> 135           1          1   32            0              0
#> 136           1          1   22            1              0
#> 137           1          0   81            1              0
#> 138           1          0   73            1              0
#> 139           1          1   69            1              0
#> 140           1          0   27            0              0
#> 141           1          0   13            1              0
#> 142           1          0   76            1              0
#> 143           1          0    7            0              0
#> 144           1          1   59            1              0
#> 145           1          0   29            1              0
#> 146           1          0   57            1              0
#> 147           1          0   44            1              0
#> 148           1          0   53            1              0
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#> 150           1          0   29            0              0
#> 151           1          1   40            1              0
#> 152           1          1   49            1              0
#> 153           1          0   38            0              0
#> 154           1          1   31            0              0
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#> 158           1          1   53            1              0
#> 159           1          0   31            0              1
#> 160           1          1   57            0              1
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#> 162           1          1   59            0              1
#> 163           1          0   29            0              1
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#> 167           1          1   71            0              1
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#> 250           1          0   67            0              1
#> 251           1          0   41            0              1
#> 252           1          1   41            0              1
#> 253           1          0   29            1              0
#> 254           1          1   43            0              1
#> 255           1          0   77            1              0
#> 256           1          0   53            0              1
#> 257           1          0   44            0              1
#> 258           1          1   51            0              1
#> 259           1          1   67            0              1
#> 260           1          1   49            0              1
#> 261           1          0   37            1              0
#> 262           1          1   65            0              1
#> 263           1          1   43            0              0
#> 264           1          0   48            1              0
#> 265           1          0   99            0              0
#> 266           1          0   34            0              1
#> 267           1          1   87            0              1
#> 268           1          1   75            0              1
#> 269           1          0   57            1              0
#> 270           1          1   61            0              1
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#> 272           1          0   70            0              1
#> 273           1          0   99            0              1
#> 274           1          1   73            0              1
#> 275           1          1   66            0              1
#> 276           1          1   57            1              0
#> 277           1          1   77            0              1
#> 278           1          1   53            0              1
#> 279           1          1   73            0              1
#> 280           1          1   84            0              1
#> 281           1          1   83            1              0
#> 282           1          0   77            0              1
#> 283           1          1   44            0              1
#> 284           1          0   79            0              1
#> 285           1          1   53            0              0
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#> 287           1          1   46            0              1
#> 288           1          0   35            1              0
#> 289           1          0   63            0              1
#> 290           1          0   75            0              1
#> 291           1          0   84            0              1
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#> 293           1          0   32            0              1
#> 294           1          1   12            1              0
#> 295           1          1   61            0              1
#> 296           1          0   99            1              0
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#> 298           1          0   35            0              1
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#> 300           1          0   87            0              1
#> 301           1          1   70            0              1
#> 302           1          1   57            1              0
#> 303           1          1   44            0              1
#> 304           1          0   26            0              1
#> 305           1          1   63            0              1
#> 306           1          0    8            1              0
#> 307           1          1   63            0              1
#> 308           1          0   59            0              1
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#> 310           1          1   26            1              0
#> 311           1          0   79            0              1
#> 312           1          0   59            1              0
#> 313           1          0   90            0              1
#> 314           1          0   77            0              1
#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1 2 3 3
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$gender
#> [1] "contr.treatment"
#> 
#> attr(,"contrasts")$prog
#> [1] "contr.treatment"
#> 
# \donttest{
data(sitophilus)
M.sit <- glm.cmp(formula = ninsect ~ extract, formula_nu = ~extract, data = sitophilus)
model.matrix(M.sit)
#> $x
#>    (Intercept) extractLeaf extractBranch extractSeed
#> 1            1           1             0           0
#> 2            1           1             0           0
#> 3            1           1             0           0
#> 4            1           1             0           0
#> 5            1           1             0           0
#> 6            1           1             0           0
#> 7            1           1             0           0
#> 8            1           1             0           0
#> 9            1           1             0           0
#> 10           1           1             0           0
#> 11           1           0             1           0
#> 12           1           0             1           0
#> 13           1           0             1           0
#> 14           1           0             1           0
#> 15           1           0             1           0
#> 16           1           0             1           0
#> 17           1           0             1           0
#> 18           1           0             1           0
#> 19           1           0             1           0
#> 20           1           0             1           0
#> 21           1           0             0           1
#> 22           1           0             0           1
#> 23           1           0             0           1
#> 24           1           0             0           1
#> 25           1           0             0           1
#> 26           1           0             0           1
#> 27           1           0             0           1
#> 28           1           0             0           1
#> 29           1           0             0           1
#> 30           1           0             0           1
#> 31           1           0             0           0
#> 32           1           0             0           0
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#> 35           1           0             0           0
#> 36           1           0             0           0
#> 37           1           0             0           0
#> 38           1           0             0           0
#> 39           1           0             0           0
#> 40           1           0             0           0
#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1 1 1
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$extract
#> [1] "contr.treatment"
#> 
#> 
#> $s
#>    (Intercept) extractLeaf extractBranch extractSeed
#> 1            1           1             0           0
#> 2            1           1             0           0
#> 3            1           1             0           0
#> 4            1           1             0           0
#> 5            1           1             0           0
#> 6            1           1             0           0
#> 7            1           1             0           0
#> 8            1           1             0           0
#> 9            1           1             0           0
#> 10           1           1             0           0
#> 11           1           0             1           0
#> 12           1           0             1           0
#> 13           1           0             1           0
#> 14           1           0             1           0
#> 15           1           0             1           0
#> 16           1           0             1           0
#> 17           1           0             1           0
#> 18           1           0             1           0
#> 19           1           0             1           0
#> 20           1           0             1           0
#> 21           1           0             0           1
#> 22           1           0             0           1
#> 23           1           0             0           1
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